Dalam pengembangan daerah Jakarta, beberapa bangunan atau tempat yang berada di daerah kota Tua Jakarta dihancurkan dengan alasan tertentu. Beberapa tempat tersebut adalah:

• Benteng Batavia dihancurkan antara 1890–1910, beberapa material digunakan untuk pembangunan Istana Daendels (sekarang Departemen Keuangan Nasional)
• Gerbang Amsterdam (lokasinya berada dipertigaan Jalan Cengkeh, Jalan Tongkol dan Jalan Nelayan Timur. Dihancurkan untuk memperlebar akses jalan) dihancurkan pada tahun 1950an untuk penglebaran jalan.
• Jalur Trem Batavia (Jalur ini pernah ada di kota Batavia, tetapi sekarang sudah ditimbun dengan aspal. Karena Presiden Soekarno menganggap Trem Batavia yang membuat macet)

Beberapa bangunan berada dalam kondisi mengenaskan kebanyakan akibat kepemilikan bangunan yang tidak jelas.